Şehzade Mehmed, çocukluğunda Eski Saray'da kalmıştır (Beyazıt ilçesi sınırlarındaki Eski Saray bugün İstanbul Üniversite'si bünyesinde fakülte olarak kullanılır). Sanata düşkün zayıf bünyeli bir şehzadedir. Babası Kanuni'nin eğitimine önem vererek özel eğitim almasını sağlamıştır. Kanuni'nin en sevdiği oğullarından birisidir. Genç şehzade, 1540 yılında ağabeyi Şehzade Mustafa'nın Saruhan Sancağı'ndan alınarak Amasya Sancağı'na atanması sonrası Saruhan Sancağı'na getirilmiştir. İki yıl orada kesintisiz görev yapmıştır. Şehzade Mehmed, iki yıl süreyle dönemin Veliaht şehzade konumunda idi. Ağabeyi Şehzade Mustafa'nın Saruhan Sancağı'ndan alınıp Amasya Sancağı'na atanmasını Hürrem Sultan'ın etkisine bağlar