MÖ Yedinci yüzyılda yaşayan Thales doğanın akıl ile anlaşılabileceğini savunmuş ve suyun dünyanın ana prensibi olduğunu iddia etmiştir. MÖ 610-545 yılları arasında yaşadığı düşünülen Anaximandrosapeiron diye adlandırdığı amorf bir prensibi ortaya atmıştır. Anaximenes ise her şeyin kökeninde hava olduğunu söylemiştir. Heraklit’e göre ise bu prensip ateştir.

MÖ 540–450 yılları arasında yaşayan Parmenides ise daha ilginç bir görüş geliştirmiş ve evrenin aslında Tek olduğunu ve farklı görüntüler aldığını savunmuştur. En büyük karakteristiği hareketli olması devamlı form değiştirmesidir.

MÖ 485–425 yılları arasında yaşayan Empedokles için ise ateş hava su ve toprak maddeyi oluşturan dört elementtir ve aşk adı verilen çekim kuvveti ile Parmenides’in evrenine benzeyen evreni oluştururlar. Ancak Nefret adı verilen itim kuvveti ile itildiklerinde çözülmeler olur.

Dört element düşüncesinin Orta Çağlar boyunca varolan şekli kuşkusuz Platon’un ve özellikle de Aristo’nun eseridir. Platon elementleri geometrik formları ile ortaya koymaya çalışmıştır. Ancak simyadaki teori büyük ölçüde Aristo’nun teorisidir. MÖ 384–424 yılları arasında yaşayan Aristo birçok konuda olduğu gibi dört element teorisi ile de Orta Çağ boyunca tek otorite olarak kalmıştır. Aristo’ya göre ilk madde çeşitli formlar alabilmektedir. Bu alınan formlar da bazı temel özelliklere bağlıdır. Bu özellikler dört tanedir: Sıcak soğuk kuru ıslak. Buna göre
Ateş: Sıcak – Kuru
Hava: Sıcak – Islak
Su: Soğuk – Islak
Toprak: Soğuk – Kuru olarak özellik gösterirler. Bu da simyada kullanılmıştır.

Aristo ile olgunluğa ulaşan elementler teorisi ve Mısır kaynaklı simya İskender’in fetihleri ile beraber karşılaşma olanağı bulmuş ve bir senteze ulaşmıştır. Bu senteze doğu kökenli okültizm Yahudi ve Hristiyan mistisizmi de karışarak Orta Çağdan itibaren simyacıların temel teorilerini oluşturmuşlardır. Yunan-Mısır sentezi simya ile ilgili en önemli belge MS. 3’üncü yüzyıldan kaldığı sanılan Leyden papirüsüdür. Dördüncü yüzyıldan itibaren ise simya eğitimi yaygınlaşmıştır. Özellikle Panopolis’li Zosimus simyayı daha ritüelik bir hale getirmiştir. Bu dönemde özellikle İskenderiye’de simya üzerine birçok eser ortaya çıkmıştır. Bu eserler arasında Hermes İsis gibi tanrısal kişiliklerin yazdığı varsayılan eserlerin yanı sıra Keops gibi hükümdarların Platon Pythagoras Tahles gibi filozofların ya da Zosimus gibi simyacıların yazdıkları söylenen eserler de vardı. Bunlar Felsefe taşından ve ölümsüzlükten de söz etmekte aynı zamanda simyanın ezoterik yanını da ortaya koymaktaydılar. Simya daha sonra Bizans’ta da varlığını sürdürmüştür. İmparator Heraklius Simyayı desteklemiştir. Ancak Bizans’ta simya çok gelişememiş daha sonra da Batıya geçmiştir.

Arapların Mısır’ı işgal etmesi simyanın İslam dünyasına da girmesini sağlamıştır. Arap kültüründe İslam öncesinde simya hakkında yazılan eserler bilinmemekle birlikte Mısır’ın işgalinden sonra bu konuda yazılan eserlerde bir patlama olmuştur. Bütün İslam dünyasında Arapça tek resmi dil olduğu için eski Mısır ve Yunan eserlerinin Arapça’ya yapılan tercümeleri de bütün İslam dünyasına yayılmış bu konuda çalışmaların çoğalmasını sağlamıştır. Müslüman simyacılar arasında en tanınmışı kuşkusuz Batıda Geber adıyla tanınan Abu Abdullah Cabir ibn Hayyan’dır. Cabir’den kalan eserlerin bir bölümü Corpus Jabirianus adıyla toplanmıştır. Çoğu kaybolan bu yazılarda simya kadar İslam’ın ezoterik açıklamalarının da varlığı bilinmektedir. Cabir bu yazılarda ezoterik bilgi vermesine rağmen olabildiğince açıklama yapmıştır. Simyanın Orta Çağ Avrupa’sına geçişi göreceli olarak daha geç olmuştur. Özellikle Arap istilaları ve Haçlı seferleri sırasında bu kültürle tanışan Batı dünyası Orta Çağın sonlarına doğru simya ile ilgilenebilmiştir. Simya anlamına gelen Alchemy/Alchimie sözcüğünün ve simyada kullanılan Alkol Alambik Elixir gibi sözcüklerin Arapça’dan gelmiş olması da bu kökeni ortaya koymaktadır. On üçüncü yüzyılın ilk yarısından itibaren Fransisken manastırlarında simya yaygınlaşmaya başlamıştır. Buradan Robert Grossetête tarafından Oxford’a da geçen simya burada da popüler olmuş ve Robert Grossetête’in öğrencilerinden biri olan Roger Bacon da bu konuda oldukça sivrilmiştir. Simya kadar astroloji ve okült bilimlerle de ilgilenen Bacon sonunda kilisenin de dikkatini çekmiş ve bu yüzden hapse girmiştir. Daha sonra gizemli bir şekilde ortadan kaybolan Bacon simyacıların ölümsüz olduğu konusunda rivayetlerin çıkmasına da neden olmuştur.

1240 – 1311 yılları arasında yaşamış olan ve Rosarium Philosophorum adlı eserin de yazarı olan Arnaud ve Villeneuve de bu konuda zamanının tanınmış isimlerindendir. Villeneuve simya kadar astroloji ve tıpla da uğraşmıştır. Eserleri ise ölümünden sonra yakılmıştır. Villeneuve’den etkilenen iki Fransisken de simya konusuyla ilgilenmişlerdir bunlar Raymond Lulle ve Jean de Rupescissa’dır. Fransiskenler kadar Dominikenler de simya ile ilgilenmişler ve 1193-1280 yılları arasında yaşayan ve Büyük Albert adıyla da anılan Albert de Bollstaedt Dominikenlerin arasından çıkmıştır. Her şeye rağmen On üçüncü yüzyılın sonuna kadar simyacılar manastırlarda rahat rahat simya ile ilgilenebiliyorlardı. Ancak zamanla simya kilisenin tepkisini çekmeye başlar. Bu arada manastırlar dışında da simya ile ilgilenen kişiler türerler. Artık Hermes’in bilimi ile kilise karşı karşıya gelmeye başlar. Ancak Kilise önlemini almakta gecikmez; 1317’de Papa Jean XXII bir karar yayınlayarak (Spondent quas non exhibent) sahte altın yapanları ve simyacıları mahkûm eder. Buna göre simyacılar fazlasıyla çoğalmışlardır.

Bu sırada gizemli bir kişinin simyanın sırlarını bulduğu konusunda bir rivayet yayılmıştır. Bu kişi Nicolas Flamel’dir. 1330 – 1418 yılları arasında yaşadığı söylenen Flamel söylentiye göre “Yahudi Abraham” isimli simyanın sırlarını veren bir kitap bulmuş ve yıllarca karısı Pernelle ile uğraşarak buradaki şifreleri çözmüş ve bu sanatın sırrına vakıf olmuştur. On beşinci yüzyılda gelişen simyada döneminin en önemli isimlerinden biri de Basil Valentin’dir. Yaşamı hakkında tam bir bilgiye sahip olamadığımız Valentin özellikle “On iki Anahtar” isimli eseri ile ünlüdür. Simya Rönesans ile birlikte en yüksek noktasına ulaşmış ve bu dönemde Kabala büyü Yeni Plantonculuk gibi diğer ezoterik doktrinler de simyaya katkıda bulunmuştur. Bu dönem ayrıca Rose-Croix gibi gizli örgütlerin de ortaya çıktığı bir dönemdir. Bu dönemde Denis Zachaire John Dee gibi ünlü simyacılar da ortaya çıkmıştır.

Dönemin en önemli ismi kuşkusuz 1493 doğumlu Paracelsus’dur. Maceralı bir hayat yaşadıktan sonra 1541 yılında hayata gözlerini yuman Paracelsus kariyerine önce doktor olarak başlamış birçok maceradan sonra şifacılığı ile ün kazanmıştır. Doktor olmasına rağmen simyanın tıptan ayrılamayacağını söylemiş ve doğa ve insan üzerine çalışmıştır. Macrocosmos ve microcosmos üzerine düşünce sistemini kuran Paracelsus tuz kükürt cıva ile ruh can beden ilişkisini de savunmuştur. Ezoterik düşüncenin ifadelerini iyi bir biçimde ortaya koyan Paracelsus Rose-Croix örgütünü de büyük ölçüde etkilemiştir. On yedinci yüzyılda simya ile ilgili çalışmaların büyük bölümü Rose-Croix tarafından yapılmıştır. İngiltere’de de Robert Fludd bu düşünceyi sistematize etmiştir. On yedinci yüzyıl sonundan itibaren ise okült bilimlere olan ilgi yavaş yavaş azalmış materyalizm ön plana geçmiştir. Eski öğretiyi savunan örgütlerin varlığını sürdürmesine rağmen simya artık popülerliğini yitirmiştir. Günümüzde simya artık mistik/ezoterik anlamı ile sürmektedir. Ezoterik düşünceler çağlara göre farklı şekillerde ortaya çıkabilir simya da bunun özel bir türüdür. Zamanın doldurmuş ancak ezoterik içeriği ve sembolizmi ile yaşayan tarihçilerin ilgisini çeken bir düşüncedir.