Çivizâde, 1545 senesinde Rumeli kadıaskeri olunca, Şâh Muhammed Çelebi'nin Sirâciyye Medresesine tâyin edilmesi için pâdişâha arz edip, onun iyiliğinden bahsederken;
-Bu hakîrin mülâzimi olmasından başka hiçbir aybı yoktur, dedi.
Bunun üzerine pâdişâh, Çivizâdeye iltifât edip;
-Efendi! Yalnız sizin talebeniz olması ona şeref olarak yeter, dedi.
Çivizâde bunun üzerine;
-Saâdetli pâdişâhım, iki mülâzimim vardır. Biri Şâh Muhammed Çelebi, diğeri de Kınalızâde Ali Çelebidir. İki gözüm gibidirler. İkisinin birbirinden farkı yoktur, dedi.
Kânûnî Sultan Süleymân, Nahcivân seferine çıkacağı zaman, Mihrimah Sultan Medresesi ne Bağdâdîzâde Hasan Çelebinin müderris tâyin olunacağı arz edilince, kabûl etmeyip;
-Bu medrese, Şâh Muhammed Çelebinin yeridir. Başkasına verilirse kapatır veya dergâh hâline getiririz, dedi ve Şâh Muhammed Çelebiye iltifât etti.
Şâh Muhammed Çelebi, bu medresede ilim öğretip Kurân-ı kerîmin hakîkatlerini anlatmaya çalıştı.
Nakledilir ki: Bâzı dostlarına;
-İnşâallah İstanbul kadılığına kadar ulaşacağım, derdi.
-Nereden biliyorsun? diye sorduklarında;
-Yirmi beş akçe ile Sirâciyye Medresesinde vazifeli iken, kadıaskerliğe mürâcaat etmiştim. O gece rüyâmda, hocam Çivizâde'yi gördüm.
Dedi ki:
-Düşündüğünden vazgeç. Ancak İstanbul kadısı olursun.
- Merhumun sözünde hilâf ve vâdinde durmaması olmazdı, dedi.