Antik İzmir Kenti'nin ilk yerleşiminin üzerinde yer aldığı höyük, Eskiçağ'da küçük bir yarımadadır. Burası kuzeyden anakara ile bağlantılıdır.
Antik kentteki ilk bilimsel çalışmalar Prof. Dr. John M. Cook ve Prof. Dr. Ekrem Akurgal tarafından İngiliz-Türk üyelerden oluşan bir heyet ile 1948-1951 arasında gerçekleştirilmiştir. Ord. Prof. Dr. Ekrem Akurgal 1966 yılından itibaren 1993'e kadar kesintisiz olarak kazıları sürdürmüştür. Çalışmalar 1993'ten itibaren Prof. Dr. Meral Akurgal başkanlığında yürütülmektedir.
Smyrna Kenti MÖ 3. bin ile 300 tarihleri arasında yerleşim görmüştür. MÖ 11. yüzyılda bir Aiol kenti olarak kurulmuştur. Ekrem Akurgalın Bayraklı Höyüğü üzerinde MÖ 11. - 4. Yüzyıl arasına tarihlediği kesintisiz on yerleşme katının verdiği sonuçlar, Smyrnanın özellikle MÖ 7. Yüzyıldan başlamak üzere üç yüzyıl boyunca ticari ve siyasi faaliyetin toplandığı bir merkez, bir Devlet Kent olduğunu ortaya çıkarmıştır. Smyrna, MÖ 650-546 tarihleri arasında Aiolis Bölgesi'nin en büyük yerleşmesidir.
MÖ 9. Yüzyılda kenti ker*** bir sur çevreler. Evler genelde tek odalıdır.
Batı Anadolu İon Uygarlığının en yüksek düzeyi MÖ 650-546/545 tarihleri arasındadır. Eski İzmir kenti, MÖ 630-580 tarihleri arasında başta Kent duvarı, Athena Tapınağı, Anıtsal Çeşme binası, Toplantı Megaronu, Çifte Megaron olmak üzere Doğu Hellen yapı sanatının bugün için en önemli eserlerini vermiştir.
Hellen Dünyasında en eski geometrik dokulu kent planı ilk kez MÖ 7. yüzyılın 2. yarısında Smyrna'da uygulanmıştır.
MÖ 7. Yüzyılın ortasından itibaren sağlam bir kent duvarı ile korunan Smyrna'da, bu dönemde
Athena Tapınağı'nın mimarlık elemanları ile tapınakta yer alan anıtsal heykeller tüf taşından oluşturulmuştur. Mimarlık elemanları, özellikle sütun başlıkları Aiol mimarlığının ilk ve en güzel örnekleri olup, İon başlığının öncülüğünü yapan sanat yaratılarıdır.
MÖ 600'lerde Smyrna, Lidya Kralı Alyattes tarafından ele geçirilmiştir. Bu saldırıda kent büyük hasar görür. MÖ 6. Yüzyıl başlarında Smyrnalılar kısa sürede kentlerindeki, tahribatın izlerini gidererek eski parlak günlerine dönerler.
MÖ 546'da olagelen Pers saldırısı ile bu süreç sona erer.
Höyük üzerinde en üst tabaka MÖ 4. Yüzyıla aittir. Burada evler ortada bir avlu etrafına dizilmiş odalardan oluşurlar. MÖ 4.yüzyıl sonunda büyük bir nüfus artışı sonucunda kent Pagos Dağı'nın (Kadifekale) eteklerine taşınır ve yeni kent orada kurulur.