Safevi Saltanat ailesinin bir mensubu olan Hasan Baba, Anadoluda yaşayan Alevi Türkmenler ile uzun yıllardır münasebet içerisindeydi. Vefatı üzerine yerine oğlu Şahkulu Baba geçmiş, babasının Tekkesinin liderliğini yapmaya başlamıştı. Zamanla itibar gören Şahkulu Baba, nüfuz kazanarak Abdal Baba Tekkesinin liderliğini de üstlenerek Alevi Türkmenler içerisinde öne çıkan bir dini önder (Baba) haline geldi.
Şahkulu Baba, Anadoluda yaşayan Alevi Türkmenlerin dini ve sosyal liderliğini üstlendikten sonra Şah İsmail lehine faaliyetler yürüterek gerek kendi tekkesine bağlı olan tebaasını gerekse diğer Alevi Cemaatleri Safevi Devletine ve Şah İsmaile biat etmeye davet etmeye başladı. Bu durum, Anadoludaki Türk Birliğinin sağlamaya çalışan Osmanlının devlet politikalarına zarar veriyordu. Şahkulu, bu söylemlerini eyleme dökerek büyük bir isyan hazırlığı içerisine girişti. Saltanat makamının şehzadelerin hâkimiyet mücadelesine girişmesi sebebiyle zayıflamasından istifade ederek kendisine bağlı tebaaya kılıç kuşandırıp isyan hareketi içerisine girdi. Emri altına aldığı kuvvetlerle birlikte Manisa Sancağına giderek saltanat mücadelelerine karışan Şehzade Korkutun hazinesine saldırdı ve şehzadenin hazinesini ele geçirdi. Şahkulu, ilk isyanında başarılı olunca daha da itibar görerek güçlendi ve isyan hareketine katılan Alevi Türkmenlerin sayısı arttı.
Şahkulu, emrindeki asilerin sayısı artınca kendisini Şah İsmailin halifesi ilan ederek çok daha büyük isyanlara ve katliamlara girişti. Manisadan sonra Antalyaya girdi ve Antalya Kadısını öldürdü. Ardından Kızılcakaya, Korkuteli, Elmalı, Burdur ve Keçiborlu beldelerine girdi. Bu bölgelerin Kadıları öldürerek yerel halk üzerinde katliamlar gerçekleştirdi. Giriştiği isyan hareketiyle Kütahyaya kadar ulaşan Şahkulu, isyanın bastırılması için üzerine gönderilen Osmanlı Kuvvetlerini de mağlup edince isyan daha da pervasızlaştı. Kütahyayı kuşatarak Anadolu Beylerbeyi Karagöz Ahmet Paşayı öldürdü (22 Nisan 1511).
Şahkulu, Kütahya kuşatmasında muvaffak olamasa da Kütahyadan çekilip Bursaya doğru yola çıktı. Osmanlı, İsyanı bastırmak için Subaşı Hasan Ağa komutasında ikinci bir kuvvet daha sevk etmişti. Şahkulu, bu kuvvetlere karşıda galip gelince isyanı bastırmak için doğrudan Vezir-i Azam Hadım Ali Paşa görevlendirildi. Şahkulu, bu esnada Hadım Ali Paşadan önce ulaşan Karaman Beylerbeyi Haydar Paşayla mücadeleye girişti ve üçüncü Osmanlı Kuvvetlerine karşı da galip gelerek yoluna devam etti. Şahkulu İsyanı ancak Vezir-i Azam Hadım Ali Paşanın müdahalesiyle durdurulabildi. Hadım Ali Paşa, isyanı bastırmak için görevlendirilen Şehzade Ahmetin güçleriyle birleşerek Şahkulu güçlerini Altıntaş mevkiinde dağlık bir alanda kuşattı. Ancak Şehzade Ahmet, İsyanı bastırmak yerine kendisine verilen Yeni Çerilerden, giriştiği saltanat mücadelesinde destek vermelerini ve kendisine biat etmelerini istedi. Emrindeki Yeni Çerilerin bu teklifi kabul etmemeleri üzerine İsyanı bastırma vazifesini reddederek kendi sancağına çekildi. Şehzade Ahmetin kuşatmada destek vermemesi üzerine Hadım Ali Paşanın kuşatmasından kaçmayı başaran Şahkulu ve isyancıları İrana doğru kaçmaya başladılar.
Hadım Ali Paşa, kaçan Şahkulu isyancılarını takip ederek Sivas yakınlarındaki Çubukova mevkiinde yetişti. İsyancılar burada Osmanlı Kuvvetlerine güç yetiremeyip mağlup oldular. İsyanın başını çeken Şahkulu bu mücadelede öldürülünce de kargaşaya kapılıp dağıldılar. Ancak Hadım Ali Paşada savaş meydanında aldığı ok darbesiyle öldürülünce Osmanlı Kuvvetleri kaçan isyancıları takip edemediler. Osmanlı Kuvvetleri geri çekilince isyancılarda İrana kaçtılar.
Şahkulu Babanın başını çektiği Bâtıni (Alevi) isyancıları Osmanlı Devletinin merkezi ve bölgesel idarelerine büyük zararlar verip halk üzerine uyguladığı zulümlerle büyük bir sorun oluşturmuş, nihayet isyan bastırılabilmişti. Ancak bu isyan Bâtıni hareketin isyanlarının başını çekti. Devam eden yıllarda Şah İsmail ve Safevi yanlısı Alevi Türkmenler Osmanlı Devleti aleyhine faaliyetler yürütmeye başlamışlardı. Şahkulu İsyanı, Anadolu Alevilerini isyana teşvik etmiş olması hasebiyle bastırılmış olsa da çözülememiş bir sorun olarak uzun yıllar önemini korudu.
Şahkulu Baba, Anadoluda yaşayan Alevi Türkmenlerin dini ve sosyal liderliğini üstlendikten sonra Şah İsmail lehine faaliyetler yürüterek gerek kendi tekkesine bağlı olan tebaasını gerekse diğer Alevi Cemaatleri Safevi Devletine ve Şah İsmaile biat etmeye davet etmeye başladı. Bu durum, Anadoludaki Türk Birliğinin sağlamaya çalışan Osmanlının devlet politikalarına zarar veriyordu. Şahkulu, bu söylemlerini eyleme dökerek büyük bir isyan hazırlığı içerisine girişti. Saltanat makamının şehzadelerin hâkimiyet mücadelesine girişmesi sebebiyle zayıflamasından istifade ederek kendisine bağlı tebaaya kılıç kuşandırıp isyan hareketi içerisine girdi. Emri altına aldığı kuvvetlerle birlikte Manisa Sancağına giderek saltanat mücadelelerine karışan Şehzade Korkutun hazinesine saldırdı ve şehzadenin hazinesini ele geçirdi. Şahkulu, ilk isyanında başarılı olunca daha da itibar görerek güçlendi ve isyan hareketine katılan Alevi Türkmenlerin sayısı arttı.
Şahkulu, emrindeki asilerin sayısı artınca kendisini Şah İsmailin halifesi ilan ederek çok daha büyük isyanlara ve katliamlara girişti. Manisadan sonra Antalyaya girdi ve Antalya Kadısını öldürdü. Ardından Kızılcakaya, Korkuteli, Elmalı, Burdur ve Keçiborlu beldelerine girdi. Bu bölgelerin Kadıları öldürerek yerel halk üzerinde katliamlar gerçekleştirdi. Giriştiği isyan hareketiyle Kütahyaya kadar ulaşan Şahkulu, isyanın bastırılması için üzerine gönderilen Osmanlı Kuvvetlerini de mağlup edince isyan daha da pervasızlaştı. Kütahyayı kuşatarak Anadolu Beylerbeyi Karagöz Ahmet Paşayı öldürdü (22 Nisan 1511).
Şahkulu, Kütahya kuşatmasında muvaffak olamasa da Kütahyadan çekilip Bursaya doğru yola çıktı. Osmanlı, İsyanı bastırmak için Subaşı Hasan Ağa komutasında ikinci bir kuvvet daha sevk etmişti. Şahkulu, bu kuvvetlere karşıda galip gelince isyanı bastırmak için doğrudan Vezir-i Azam Hadım Ali Paşa görevlendirildi. Şahkulu, bu esnada Hadım Ali Paşadan önce ulaşan Karaman Beylerbeyi Haydar Paşayla mücadeleye girişti ve üçüncü Osmanlı Kuvvetlerine karşı da galip gelerek yoluna devam etti. Şahkulu İsyanı ancak Vezir-i Azam Hadım Ali Paşanın müdahalesiyle durdurulabildi. Hadım Ali Paşa, isyanı bastırmak için görevlendirilen Şehzade Ahmetin güçleriyle birleşerek Şahkulu güçlerini Altıntaş mevkiinde dağlık bir alanda kuşattı. Ancak Şehzade Ahmet, İsyanı bastırmak yerine kendisine verilen Yeni Çerilerden, giriştiği saltanat mücadelesinde destek vermelerini ve kendisine biat etmelerini istedi. Emrindeki Yeni Çerilerin bu teklifi kabul etmemeleri üzerine İsyanı bastırma vazifesini reddederek kendi sancağına çekildi. Şehzade Ahmetin kuşatmada destek vermemesi üzerine Hadım Ali Paşanın kuşatmasından kaçmayı başaran Şahkulu ve isyancıları İrana doğru kaçmaya başladılar.
Hadım Ali Paşa, kaçan Şahkulu isyancılarını takip ederek Sivas yakınlarındaki Çubukova mevkiinde yetişti. İsyancılar burada Osmanlı Kuvvetlerine güç yetiremeyip mağlup oldular. İsyanın başını çeken Şahkulu bu mücadelede öldürülünce de kargaşaya kapılıp dağıldılar. Ancak Hadım Ali Paşada savaş meydanında aldığı ok darbesiyle öldürülünce Osmanlı Kuvvetleri kaçan isyancıları takip edemediler. Osmanlı Kuvvetleri geri çekilince isyancılarda İrana kaçtılar.
Şahkulu Babanın başını çektiği Bâtıni (Alevi) isyancıları Osmanlı Devletinin merkezi ve bölgesel idarelerine büyük zararlar verip halk üzerine uyguladığı zulümlerle büyük bir sorun oluşturmuş, nihayet isyan bastırılabilmişti. Ancak bu isyan Bâtıni hareketin isyanlarının başını çekti. Devam eden yıllarda Şah İsmail ve Safevi yanlısı Alevi Türkmenler Osmanlı Devleti aleyhine faaliyetler yürütmeye başlamışlardı. Şahkulu İsyanı, Anadolu Alevilerini isyana teşvik etmiş olması hasebiyle bastırılmış olsa da çözülememiş bir sorun olarak uzun yıllar önemini korudu.