OBERON
MFC Üyesi
- Üyelik Tarihi
- 20 Kas 2016
- Konular
- 2,670
- Mesajlar
- 2,919
- MFC Puanı
- 1,410
Moleküler Motor
Moleküler motorlar canlı organizmalarda hareketi sağlayan biyolojik moleküler makinalardır. Genel olarak bir motor enerji kullanıp onu hareket veya mekanik işe dönüştürür. Örneğin çoğu protein-temelli moleküler motor ATP'nin hizdrolizi ile açığa çıkan serbet enerjisini kullanıp onu mekanik işe dönüştürür.[1] Enerjetik verimlilik açısından bu tür motorlar hâlen mevcut insan yapımı motorlardan üstündürler. Moleküler motorlarla makroskopik motorlar arasındaki önemli bir fark moleküler motorların termal banyo içinde çalışmalarıdır bu ortamda termal gürültüden kaynaklanan fluktuasyonlar önemli düzeydedir.
Örnekler
Biyolojik olarak önemli olan bazı motorlara örnekler aşağıda verilmiştir:[2]
Hücre iskelet motorları
Miyosin kas kasılmasından sorumludur.
Kinesin hücre içinde çekirdekten gelen kargoyu mikrotübüller üzerinde taşır.
Dinein silya ve flagella'nın aksonemal biçinde atmasını sağlar ayrıca mikrotübüller üzerinden kargonun çekirdeğe doğru taşınmasını sağlar.
Polimerizasyon motorları
Aktin polimerizasyonu kuvvet üretir ve hareket için kullanılır. ATP kullanılır.
Mikrotübül polimerizasyonu GTP kullanır.
Dinamin plazma zarından klatrin tomurcuklarının ayrılmasını sağlar.
Dönel motorlar
FoF1-ATP sentaz mitokondriler içindeki membran ötesi elektrokimyasal proton gradyanını kullanarak ATP üretir.[3]
Bakteriyel flagellum E. coli 'nin yüzmesi ve tökezlemesinden sorumludur. Diğer bakterilerde döner bir motor tarafından güç alan rijit bir pervane olarak çalışır. Bu motor membran aşan bir proton akımı tarafından çalıştırılır muhtemelen ATP sentazdaki Fo motorundakine benzer bir mekanizma ile.
Nükleik asit motorları:
RNA polimeraz bir DNA kalıbının RNA molekülü olarak yazılmasını sağlar.[4]
DNA polimeraz tek iplikli bir DNA'yı iki iplikli DNA'ya dönüştürür.[5][6]
Helikazlar transkripsiyon veya ikilenmeden önce nükleik asitlerin iki ipliğini birbirinden ayırırlar. ATP ile çalışırlar.
Topoizomerazlar hücre içindeki DNA'nın süperburgusunu azaltır. ATP ile çalışırlar.
Kromatin yapı şekillenme kompleksi (Chromatin Structure Remodeling (RSC) Complex; RSC) ve SWI/SNF kompleksleri ökaryotik hücrelerde kromatin'in yeniden şekillenmesini sağlar. ATP ile çalışırlar.
Ökaryotik hücrelerde kromozom yoğunlaşmasından sorumlu olan SMC proteini.[7]
Virüslerdeki ikileşme döngüsünün parçası olarak viral paketleme motorları genomik DNA'yı kapsit içine enjekte edip onun sıkıca paketlenmesini sağlarlar.[8]
Sentetik moleküler motorlar kimyagerler tarafından yaratılmıştır dönme hareketi yaparlar.
Teorik boyutlar
Moleküler olaylar stokastik (rassal) oldukları için moleküler motorler çoğu zaman Fokker-Planck denklemi veya Monte Carlo yöntemleri ile modellenirler. Bu teorik modeller moleküler motorları Brown motorları olarak ele almalarıyla özellikle yararlıdırlar.
Deneysel gözlemler
Deneysel biyofizikte moleküler motorların aktivitesi çeşitli deneysel yaklaşımlarla gözlemlenebilir. Bunlar arasında şunlar sayılabilir:
Flüoresan yöntemler: Flüoresans resonans enerji transferi flüoresans korrelasyon spektroskopisi
Manyetik cımbızlar DNA üzerinde çalışan motorların analizinde kullanılabilir.
Nötron spin yankı spektroskopisi nanosaniye zaman ölçeğindeki hareketleri gözlemlemek için kullanılabilir.
Optik cımbızlar düşük yay sabitleri nedeniyle moleküler motorları çalışmak için elverişlidir.
Tek molekül elektrofizyolojisi ile tekil iyon kanallarının dinamikleri ölçülebilir.
Çeşitli başka teknikler daha vardır. Yeni teknolojiler ve yöntemler geliştirildikçe doğada bulunan moleküller motorlar hakkında bilgilerden yararlanılarak nano-ölçekli yapay motorların inçası mümkün olacaktır.
Moleküler motorlar canlı organizmalarda hareketi sağlayan biyolojik moleküler makinalardır. Genel olarak bir motor enerji kullanıp onu hareket veya mekanik işe dönüştürür. Örneğin çoğu protein-temelli moleküler motor ATP'nin hizdrolizi ile açığa çıkan serbet enerjisini kullanıp onu mekanik işe dönüştürür.[1] Enerjetik verimlilik açısından bu tür motorlar hâlen mevcut insan yapımı motorlardan üstündürler. Moleküler motorlarla makroskopik motorlar arasındaki önemli bir fark moleküler motorların termal banyo içinde çalışmalarıdır bu ortamda termal gürültüden kaynaklanan fluktuasyonlar önemli düzeydedir.
Örnekler
Biyolojik olarak önemli olan bazı motorlara örnekler aşağıda verilmiştir:[2]
Hücre iskelet motorları
Miyosin kas kasılmasından sorumludur.
Kinesin hücre içinde çekirdekten gelen kargoyu mikrotübüller üzerinde taşır.
Dinein silya ve flagella'nın aksonemal biçinde atmasını sağlar ayrıca mikrotübüller üzerinden kargonun çekirdeğe doğru taşınmasını sağlar.
Polimerizasyon motorları
Aktin polimerizasyonu kuvvet üretir ve hareket için kullanılır. ATP kullanılır.
Mikrotübül polimerizasyonu GTP kullanır.
Dinamin plazma zarından klatrin tomurcuklarının ayrılmasını sağlar.
Dönel motorlar
FoF1-ATP sentaz mitokondriler içindeki membran ötesi elektrokimyasal proton gradyanını kullanarak ATP üretir.[3]
Bakteriyel flagellum E. coli 'nin yüzmesi ve tökezlemesinden sorumludur. Diğer bakterilerde döner bir motor tarafından güç alan rijit bir pervane olarak çalışır. Bu motor membran aşan bir proton akımı tarafından çalıştırılır muhtemelen ATP sentazdaki Fo motorundakine benzer bir mekanizma ile.
Nükleik asit motorları:
RNA polimeraz bir DNA kalıbının RNA molekülü olarak yazılmasını sağlar.[4]
DNA polimeraz tek iplikli bir DNA'yı iki iplikli DNA'ya dönüştürür.[5][6]
Helikazlar transkripsiyon veya ikilenmeden önce nükleik asitlerin iki ipliğini birbirinden ayırırlar. ATP ile çalışırlar.
Topoizomerazlar hücre içindeki DNA'nın süperburgusunu azaltır. ATP ile çalışırlar.
Kromatin yapı şekillenme kompleksi (Chromatin Structure Remodeling (RSC) Complex; RSC) ve SWI/SNF kompleksleri ökaryotik hücrelerde kromatin'in yeniden şekillenmesini sağlar. ATP ile çalışırlar.
Ökaryotik hücrelerde kromozom yoğunlaşmasından sorumlu olan SMC proteini.[7]
Virüslerdeki ikileşme döngüsünün parçası olarak viral paketleme motorları genomik DNA'yı kapsit içine enjekte edip onun sıkıca paketlenmesini sağlarlar.[8]
Sentetik moleküler motorlar kimyagerler tarafından yaratılmıştır dönme hareketi yaparlar.
Teorik boyutlar
Moleküler olaylar stokastik (rassal) oldukları için moleküler motorler çoğu zaman Fokker-Planck denklemi veya Monte Carlo yöntemleri ile modellenirler. Bu teorik modeller moleküler motorları Brown motorları olarak ele almalarıyla özellikle yararlıdırlar.
Deneysel gözlemler
Deneysel biyofizikte moleküler motorların aktivitesi çeşitli deneysel yaklaşımlarla gözlemlenebilir. Bunlar arasında şunlar sayılabilir:
Flüoresan yöntemler: Flüoresans resonans enerji transferi flüoresans korrelasyon spektroskopisi
Manyetik cımbızlar DNA üzerinde çalışan motorların analizinde kullanılabilir.
Nötron spin yankı spektroskopisi nanosaniye zaman ölçeğindeki hareketleri gözlemlemek için kullanılabilir.
Optik cımbızlar düşük yay sabitleri nedeniyle moleküler motorları çalışmak için elverişlidir.
Tek molekül elektrofizyolojisi ile tekil iyon kanallarının dinamikleri ölçülebilir.
Çeşitli başka teknikler daha vardır. Yeni teknolojiler ve yöntemler geliştirildikçe doğada bulunan moleküller motorlar hakkında bilgilerden yararlanılarak nano-ölçekli yapay motorların inçası mümkün olacaktır.